Mueller-hinton Broth: Howto

Mueller Hinton broth is used as the liquid medium for reviving the microorganism for antibiotics sensitivity testing, for determination dilution studies. It is also developed for the cultivation of nesserias and other fastidious microorganism due to the richness of the medium.

Formula (g/Liter):

Equipment:
Conical flask
Heater/stirrer
Glass rod
Autoclave

Preparation:

1. Dissolve the ingredient mix in one liter of distilled water while stirring constantly.
2. Heat them with frequent agitation and boil for one minute
3. Autoclave at 121C (15 lbs.sp for 15 minutes), DO NOT OVERHEAT.
4. Cool down, and measure the pH. It should be 7.4 at 25C.

Validation test:
A good mueller-hinton broth will show growth of any of the following microbes:

• Staphylococcus aureus ATCC25923,
• Escherichia coli ATCC 25922,
• Streptococcus faecalis ATCC 33186,
• aeruginosa ATCC27835,
• Streptococcus pyogenes ATCC 19615,
• Listeria monocytogenes ATCC19113.

Free Sins!

Di kedai mamak bersama dua orang kenalan lelaki. Tiba-tiba mata beliau tertancap kepada sesuatu di hadapan, lalu berkatalah dia.

“Ah, ternampak. Rezeki.” 

“Apa?” tanyaku.

Berlalu seorang anak gadis dengan seluar ketat dan jarang, yang disebabkan kedudukan cahaya dan pergerakan badan, menampakkan sesuatu yang tak patut dilihat.

Ah, spesis lelaki adalah spesis yang aneh. Tika wanita merasa geli-geleman jikalau terlihat aurat lelaki, lelaki pula kelihatan suka ketika melihat aurat wanita.

Tapi rezeki katanya?

Saya mula menggaru kepala. 

Er...aurat itu bukankah, kalau didedahkan berdosa...jadi kalau dilihat berdosa jugakan? Di manakah hadiah “rezeki” di situ? Saya nampak,hadiah dosa. 

 Trololol. Jangan marah bang. Eh adik. 

Tapi kemudiannya malam Khamis lalu saya menonton forum perdana ehwal islam, kebetulan isu ini disentuh kembali. Jemputannya adalah Ustaz Badli Shah dan Dr Fazdilah Kamsah.

“Kalau terlihat sekali itu, tidah berdosa. Alihkan pandangan.” Kata Ustaz Badlishah kalau tidak silap.

Dia mungkin sekali merujuk kepada hadis ini: 

"Dari Jarir bin Abdullah, ia berkata: Saya bertanya kepada Rasulullah s.a. w. tentang melihat (aurat wanita) secara tiba-tiba tanpa sengaja. Maka jawab Nabi: Palingkanlah pandanganmu itu!" (Riwayat Ahmad, Muslim, Abu Daud dan Tarmizi) 

Oh di situ datangnya maknanya rezeki. Kerana pandangan pertama itu pandangan tak sengaja. Ya lah, mata lelaki itu agak tajam. Pantas saja menangkap apa yang disukai, kadangkala tanpa disedari. 

Apa yang nampak ialah kasut. tapi jadilah.

It’s almost primal instinct, really. Teringat pula suatu uji kaji yang dilakukan wanita Perancis seorang ini, yang meletakkan kamera tersembunyi di badannya. Apabila diteliti kembali rakamannya, dapat disimpulkan bahawa lelaki memang cenderung memandang kepada ehem-ehemnya. Pendek kata, mana-mana lelaki yang lalu, mesti memandang. Adalah juga yang selepas pandangan pertama, beralih dan pandang kali kedua (mesti cun awek ni ye tak?).

Jadi mungkinlah dapat disimpulkan bahawa ia memang adalah nafsu semula jadi mereka untuk memandang kepada aurat perempuan. Mungkin, itulah sebabnya pandangan pertama itu tidak dipersalahkan.

Jadi bolehlah ditengok. Jadi ialah rezeki ye tak?

Terpulang apa definisi yang anda mahu beri. Yang penting pandangan pertama haruslah pandangan tidak sengaja. Bukan pandangan sengaja seperti pergi mengintai bilik mandi atau google imej. Dan paling penting, kalau aurat itu terdedah tanpa disedari, dan anda terlihat, jangan tengok kali kedualah!

Yeah that includes 9gag and imgur too.

 Oh berbalik kepada perempuan dalam cerita di mamak tadi. Jangan salahkan dia pula. Bukan dia sengaja hendak beri secara percuma. Mungkin sekali itu hanya wardrobe malfunction—dia tidak sedar bahawa pakaian dia dalam keadaan tertentu, pergerakan tertentu, akan ternampak.

Macam saya. Selalu sangat kena wardrobe malfunction. Contohnya, hari ini.

Apekebengangnya lepas zuhur baru terperasan. Lepas dah pergi sarapan, print dokumen, naik turun pejabat, beli buku bagai.

Ahh  untungla korang semua dapat rezeki free. Haram Betei.

Ok, ni sebnanrnya entri luahan perasaan je. Kalau nak tengok hukum penuh dia, UZAR dah terangkan.

 

Assalamualaikum.

How to make (your own) Mueller Hinton Agar

(taken from CultureMedia Manual book)

Mueller Hinton Agar is recommended for antibiotics sensitivity test and the primary isolation of gonococci and menigococci. Also it is popularly used as a plate to cultivate Nesseria sp. Making own cultures as compared to store-bought mixes, has many advanteges, which reliability being its major advantages as commercial products might not be as standardized.


Formula, in g per L:

Steps: 

1. Add all of the above in 1L of distilled water and mix well. (pH 7.4±0.2 at 25°C)
2. Heat, while agitating frequently and let boil for about 1 minute.
3. Dispense and sterilize in autoclave at 121°C, 12-15psi for 15 mins.
4. Cool to 40-50°C and add defibrinated blood if desired.
5. If the media is used for Nesseria growth, the blood mixture should be heated to 80°C for 10 mins until chocolated, but do not overheat.

Standardization: 

This medium complies with the NCCLS (National Commitee for Clinical Lab Standard) and prepared to contain low amount of tymidine and enough calcium and magnesium ions for growth. The performance is specified by the NCCLS by conducting sensibility tests against different antibiotics using type cultures and observed after 24 hours. The diameter in mm should be as the table below:

 Well, that's all :) I'm just writing here because I can't download them due to scribd error.

Makanan segera boleh buat orang mengamuk!

 

“Mungkin ada sebabnya kenapa itu berlaku. Ada bukti saintifik bahawa makanan segera itu boleh membawa kepada masalah mental.”

Begitulah komen seorang rakan melalui media sosial apabila saya menunjukkan video-video tentang pelanggan di restoran makanan segera yang naik darah. Ya, VIDEO-VIDEO. Apabila saya google fast-food rage saya mendapati agak ramai juga penggemar makanan segera yang mengamuk apabila menu yang dipesan tidak dipenuhi. Ada yang menghentak pintu, ada yang memaki hamun dan ada yang merosakkan kaunter!

Ini belum lagi melalui pengalaman pekerja restoran makanan segera sendiri, yang jika ditanya akan menceritakan insiden yang mereka atau rakan sekerja pernah alami. Sampaikan bagi mereka  insiden keganasan pelanggan mahupun staff itu seolah-olah menjadi kelaziman yang harus diterima para petugas!  

Mengapakah pelanggan (dan pengguna) restoran makanan segera cenderung menjadi kurang sabar? Menurut saintis, bahan-bahan seperti lemak trans (dalam ayam goreng, kentang goreng dan burger), gula dan kafien (dalam minuman) dan karbohidrat semuanya boleh menganggu sistem kesihatan mental. Tambahan pula, kebanyakan makan segera kurang dari segi mineral dan vitamin, yang kebanyakannya merupakan “makanan otak” untuk membolehkan minda berfungsi secara normal. Mineral seperti potasium yang berfungsi dalam penjanaan isyarat di sistem saraf, jika kekurangan mungkin menyebabkan rasa lesu dan keliru . 

Ambil contoh lemak trans (atau “lemak jahat”) misalnya. Kajian membuktikan bahawa manusia dengan kesihatan mental yang baik boleh mengalami masalah mental selepas enam tahun memakan makanan segera (sebagai retrospektif—sejak bila anda mula memakan makanan segera ya? Mungkin seawal tadika?). Seperti yang anda tahu lemak adalah konstituen utama otak anda. Apabila lemak trans menjadi bahan utama diet anda tentunya ia akan masuk ke otak.

Bagi minuman bergula dan kabohidrat pula, ia menjadikan aras gula dalam darah tidak stabil.  Dan ketidak stabilan ini jugalah yang dikaitkan dengan “sugar crash”, perasaan “irritable” dan juga masalah depresi di kalangan pemakan makanan segera.  Antara faktor lain pula ialah kandungan MSG dan/atau garam sodium yang tinggi dalam makanan segera. Kedua-dua ini dibuktikan mampu juga mengganggu “mood” seseorang, terutamanya bagi kanak-kanak.

Jadi dengan faktor-faktor biokimia ini, ditambah pula dengan pemilihan makanan segera yang didorong pemasaran yang agresif serta sifatnya yang murah, mudah dan cepat dihidang, menjadikan  pelangganya bergantung dan ketagih kepada hidangan makanan segera. Kebergantungan ini pula membawa padah apabila mengganggu kesihatan emosi dan mental mereka; namun ironisnya mereka terus-menerus memakannya kerana “ketagihan” kepada makanan tersebut. Kemudian kecelaruan mental meniumbulkan insiden keganasan, yang kadangkala berlaku apabila makanan itu tidak didapati. Seperti kitar pemusnah, bukan begitu?

Now, now, don’t get me wrong. Jangan marah wahai industri makanan segera sekalian (saya tahu ramai batchmate, senior dan junior bekerja di sana) tapi sebagai seorang yang mengambil minor berkaitan nutrisi makanan, saya berhak menyampaikannya. Bukan tidak boleh langsung memakan makanan segera. Namun pelanggan dan pengeluar juga harus mempunyai tanggungjawab.

Pengeluar harus cuba mengurangkan penggunaan lemak trans. Selain itu, manual juga harus menggariskan penggunaan lemak yang minimum, sekadar cukup untuk memasak. Garam juga boleh dikurangkan sekadar cukup rasa (ini juga boleh membantu dalam pengurangan kos). Selain itu, produk lebih sihat boleh juga ditambah kepada menu mereka, terutamanya untuk set yang ditawarkan kepada kanak-kanak dan remaja. Contohnya, pemberian jeli buah-buahan dalam Happy Meal oleh McD. 

Pelanggan pula harus bijak memilih dengan mengelakkan makan makanan segera dengan terlalu kerap serta memilih menu yang kurang berlemak, gula, dan garam. Contohnya menukar set air gas kepada air jus, meminta bahagian ayam yang kurang kulit tapi banyak isi, meminta pizza kepingan nipis berbanding kepingan tebal, dan banyak lagi.  

Tepuk dada, tanya selera. Ingat bahawa apa yang dimakan itu menjadi darah daging kita, jadi pilihlah yang baik-baik dan bermanfaat sahaja. Tiba-tiba saya rasa mahu makan nasi campur. Assalamualaikum!

What is the concentration of my extracted sample?

Situational problem:

I have a sample made from powdered ciku slices. The powder is dissolved in ethanol (95%), filtered and evaporated. The problem is, although I begin with a standard sample weight (300g powdered ciku), I ended up with different amount of concentrated extract for every single batch. Some is as small as a few mL. Some could fill up the bottom of a 300mL flask!

What is the concentration of my extracted sample and how do I make it standardized?

Answer:


Well, we look at it this way. Concentration is measured as mg/mL, so in each bottle there is 300000mg per mL of ethanol 95% (even though it might not look like it). So, we can determine the concentration by measuring the volume inside the bottle. If there’s 5 ml inside the bottle, it’ll become 300g/5ml = 60 000 mg/mL.

Since we have so many bottles, it’s better to standardize everything to ease later dilutions. For example, fill up every bottle until 30mL mark with the same solvent. So 300g in 30mL is 10 000 mg/mL. After this we can dilute it to 1000 mg/mL, 100 mg/mL or anything we wish.

Easy eh? Why haven’t I figured this out earlier.

Percaya di bibir. Percaya di hati.

Assalamualaikum wbt.

Pada hari yang agak sunyi ini, sedang saya menunggu antara aktiviti makmal, saya teringatkan suatu cerita dalam buku (yang saya masih belum habis baca) iaitu "Rich Brother Rich Sister" oleh Robert dan Emi Kiyosaki. Ya, ini buku yang saya masih mengulang baca entah berapa kali, kerana tarikan isi kandungannya. Tidak kisahlah, walaupun ada orang yang mengkritik prinsip-prinsip dalam buku Kiyosaki yang terdahulu, tetapi dalam penulisannya kali ini (yang merupakan biografi, bukan buku non-fiksyen biasa), beliau menceritakan pengalaman menarik semasa beliau muda dahulu.

Buku, sumber review di sini.

 Adapun semasa muda dahulu, ketika baru keluar daripada kemelut kebangkrapan perniagaan terdahulu dan baru berkahwin semula selepas penceraian pertama, Robert masih di awang-awangan tentang hala tuju hidupnya. Dalam hatinya terfikir akan untuk berniaga lagi, tetapi ideanya mengenai "berniaga dengan niat untuk Tuhan" takut tidak menjadi. Namun, beliau bertemu dengan rakan lama yang agak ala-ala Hippie....tetapi memberikan nasihat yang paling berharga. Kisah teladan mengenai lelaki di Niagara Falls.

Niagara Falls. (source)

"Pada suatu hari di tepi Niagara Falls terdapat seorang lelaki dengan basikalnya. Apabila ditanya oleh orang ramai mengapa beliau di situ, beliau menjawab, 

"Saya mahu lintas Niagara Falls naik basikal...atas wayar nipis! Siapa percaya pada saya?

Ramai yang ragu namun ramai juga yang memberi sokongan. Lalu lelaki itu meniti wayar nipis itu, berkayuh dari hujung, ke hujung. Penonton menunggu dengan penuh debaran. Tidak lama kemudian, dia turun dengan selamat.

 

Bukan gambar sebenar.(source)

Ramai penonton bersorak dan memberikan tahniah. "Hebat! Kami tahu awak mampu!" jerit mereka lagi.

Tiba-tiba, lelaki tersebut berteriak lagi,

"Sebab awak semua percaya pada saya....saya mahu lintas Niagara Falls lagi. Siapa nak ikut?"

Senyap, semua senyap.

(Source)

Tiba-tiba seorang kanak-kanak ke hadapan. "Saya nak ikut!"

Penonton mula terkejut. Kaget. Apabila budak itu mengikut lelaki berbasikal tadi ke wayar, penonton mula resah dan marah. Ada yanghendak  menelefon polis, ada yang terus meninggalkan tempat itu. Tetapi kanak-kanak kecil serta lelaki tadi tetap gigih, menaiki basikal itu.

Kemudian mereka melalui wayar itu. Pergi, dan balik.

Dan turun dengan selamat.

Penonton di tepi Niagara Falls (memang kena pakai baju hujan ya) (source)

Penonton kembali dan bersorak semula. Kagum. Mereka pun bertanya.

"Adik, adik beranilah! Kenapa adik sanggup pergi dengan lelaki ni, naik basikal melintas Niagara Falls? Bahaya tu!"

Adik itu menjawab,

"Nak tahu tak, lelaki ni ayah saya. Saya percaya dengan sepenuh hati padanya, bukan sekadar percaya di mulut."

Nilaikanlah, betapa ramai orang di dunia ini sebenarnya yang hanya percaya sekadar di bibir dan bukan percaya pada hati. Jika anda berbuat sesuatu dengan niat untuk Tuhan, maka percayalah; percaya dengan hati, bahawa dia akan bantu. Maka dia memang akan bantu." kata Hippie tersebut menutup ceritanya. 

Betul juga kan?

What is the McFarland standard?

While I was talking away about FYP with my sister, she mentioned that she was trying to do antimicrobial susceptibility test, on which she used a standard McFarland to measure the inoculum turbidity. Previously I thought inoculum for antimicrobial tests are standardized by CFU count. So now, what is a McFarland Standard; and how do we make it?

Well, different species (different inoculum) exhibit different inoculum density even in similar CFUs. This might be hard to measure the inhibition zone for lighter-density species. Therefore, it must be measured in a way that the density is similar, easing the data collection later.

Source

A McFarland standard is an optical standard of 0.5 made from Barium Sulfate. An equivalent optical density standard is the latex particle suspension. In this post I will put the McFarland standard procedure.

1) Prepare a Barium Chloride solution 0f 0.048 mol/L using a 1.175% w/v from a stock solution of BaCl2.H2O. Prepare also a 0.18 mol/L Sulfuric Acid from (1% v/v) stock.

2) Mix 0.5 ml of the barium chloride into 99.5 ml the sulfuric acid, with constant stirring.

3) Verify the turbidity standard with a spectrophotometer with 1-cm light path and matched cuvette at 625nm. The absorbance should be 0.008 to 0.10.


These suspensions must be kept in screw cap tubes of similar sizes with the one used in growing/diluting bacteria. No need to store it in freezer, it can do well in a cool and dark place. Before use though, just vigorously agitate this standard with vortexer. If using latex particle, just invert it gently.

Source

A standard is past its prime if large particles appear. It needs to be checked once a month as the density may change.

Well that's all folks! Another good read about the McFarland is the one posted by her, who added nutrient broth in the mix. Different people, different method.

Research Report: Ciku maturity

(ps. if you ask me why I put it here, it's for reference/backup purposes)

 So, a lot of people have been asking me how do I chose my ciku for research purposes. My initial answer, as I've said in the Proposal subject, is according to the ripeness index taught to me by a fellow lab technician. The reason is that there are no "Sapota Official Maturity Index"as there are for other fruits, say Carambola (Belimbing) or Papaya. The closest one for Sapota is the East African Standard, but is still in draft and not intended for official purposes.

So another way to specify the maturity level of the fruits that I chosen is by physico-chemical standards commonly employed in fruit grading. They are:

1) Color
2) Texture
3) Brix
4) pH
5) Moisture Content

Sampling method:
Sample is taken from the fruits dealer. Took as much similarly-ripened Ciku as I can (usually around 1.5kg). The ripeness is gauged by its firmness to the touch. Then after ripened overnight (I usually buy it slightly underripe) it was taken to the lab where ten of the fruit was selected for testing. They have relatively uniform size and shape.

1) Color
Color is measured using the Chroma Meter, Minolta Brand.

Ten samples is measured twice at different places and the results are recorded in L, a and b format, where L is for lightness, a is red-green and b is bluish-yellow. The sample is placed on the measuring head while making sure it completely covers the light source. Data taken are collected and averaged.




As seen here, the average is L: 61.041, a: 8.113 and b: 31.781. When put into the RGB calculator, this color is shown:

|                                                             |

|                                                             |

|                                                             | 

which almost accurately represents the color of a ripe ciku.

2) Texture
Texture analysis can help gauge the maturity of fruit. Especially when it comes to firmness, which is directly correlated to maturity (the firmer the fruit the less mature it is).The instument is Ta-xT plus texture analyzer. Since there are no methods available to assess Ciku, The method for peach firmness (PCH1/BS) is used since peach are the most similar with ciku in size and shape. These are the parameters:

Probe: Blade set HDP/BS 5 kg load cell.

Mode: Measure force in compression
Option: Repeat until count
Count:10
Pretest speed: NA
Test speed: 5.0mm/s
Post test speed: 10mm/s
Distance: 38mm
Trigger: button
Tare: auto
Data aquisition rate: 200pps

Method:
i) parameters are loaded in the Exponent software.
ii) blade is calibrated using calibrate function.
iii) each ciku fruit is cut into wedges, of similar sizes and thickness.
iv) test is started. Ciku wedge is placed perpendicular to the blade, cut into half.
v) Ciku wedges are placed one after another, while making sure not to get fingers stuck in it.
vi) after 10 counts the experiment stops and measurement are taken.

Thus, from the result, the measurements average is 649.315g. Here we can see that the flesh is quite firm.

3) Brix
Brix is a measurement of sugar content in fruit. As the fruit goes ripe, the sugar content increases and brix also increased. The equipment used is a refractometer.

Source here

Procedure:
i) All ten sample pieces are mashed into pulp.
ii) A drop of the juice is put on the glass slide.
iii)The measurement is read by looking into the eyepiece.

The measurement for the Brix of ciku juice is 21.

4) pH
pH, similarly to Brix, increases as fruit ripens. From the 10 sample-pulp juice, the pH obtained is around 5.48. pH slowly increases the longer we leave the juice idling, thus the result may not be 100% representative of true pH value. Still, it is a good result.

5) Moisture Content
Moisture content determination is just an additional measurement parameter I added, that might be useful to relate it to Brix (as water content is correlated to Brix as well). The equipment used is the infrared moisture content analyzer FD-610.

A sample around 3-7 grams is put on the drier, and preset to 100C drying at 10 min. Four measurements are obtained, 49.1%, 10.0%, 19.5% and 29.1%. The average moisture content is 26.93%. I used the method of cabinet drying, which gives a similar average is 26.9996%.

The limitation of this method compared to conventional drier-oven method is that it does not dry completely. Although I did not exceed the 7g-limit and the fruit is in small pieces, the fruit is still moist. 

Conclusion
Even without a proper standard, we can classify a fruit's maturity using its physico-chemical properties. It can help identify what samples that are used and justify its behavior in subsequent testing.
Therefore, my ciku samples' specification is as follows:

Ciku type:Subang

Origin: Ipoh

Maturity level:-

Color: L: 61.041, a: 8.113 and b: 31.781 (|                   |)

Firmness: 649.315g

Brix: 21

pH: 5.48

Moisture content: 26.9%